短程蒸餾器在進行使用時其沸騰的薄膜和冷凝面之間的壓差是蒸汽流向的驅動力，在進行使用時對微小的壓力將就會直接引起蒸汽的流動，在1mbar下運行要求在沸騰面和冷凝面之間具有短的距離，基于這個原理制作的蒸餾器稱為短程蒸餾器。短程蒸餾器（分子蒸餾）有一個內置冷凝器在加熱面的對面，并使操作壓力降到0.001mbar以下。它較低的沸騰溫度，適合熱敏性、高沸點物。