合理的系統(tǒng)配置，不但能保證短程分子蒸餾器（分子蒸餾）的正常運(yùn)行，也可以避免不合理的投資。一般來說短程蒸餾器（分子蒸餾）的操作真空要求較高，因此在進(jìn)入短程蒸餾器（分子蒸餾）之前，要把物料中對短程蒸餾（分子蒸餾）的真空度產(chǎn)生影響的輕組份（不凝性氣體，低沸點(diǎn)殘留部分）先脫去。實(shí)踐證明刮板式薄膜蒸發(fā)器是合適的預(yù)脫裝置，選擇合適的刮板式薄膜蒸發(fā)器能保證短程分子蒸餾器（分子蒸餾）在高真空狀態(tài)的正常運(yùn)行。
       短程分子蒸餾器還適合于進(jìn)行分子蒸餾。分子流從加熱面直接到冷凝器表面。分子蒸餾過程可發(fā)如下四步：
       1、分子從液相主體向蒸發(fā)表面擴(kuò)散：通常，液相中的擴(kuò)散速度是控制分子蒸餾速度的主要因素，所以應(yīng)盡量減薄液層厚度及強(qiáng)化液層的流動。
       2、分子在液層表面上的自由蒸發(fā)：蒸發(fā)速度隨著溫度的升高而上升，但分離因素有時(shí)卻隨著溫度的升高而降低，所以，應(yīng)以被加工物質(zhì)的熱穩(wěn)定性為前提，選擇經(jīng)濟(jì)合理的蒸餾溫度。
       3、分子從蒸發(fā)表面向冷凝面飛射：短程分子蒸餾器的蒸氣分子從蒸發(fā)面向冷凝面飛射的過程中，可能彼此相互碰撞，也可能和殘存于兩面之間的空氣分子發(fā)生碰撞。由于蒸發(fā)分子遠(yuǎn)重于空氣分子，且大都具有相同的運(yùn)動方向，所以它們自身碰撞對飛射方向和蒸發(fā)速度影響不大。而殘氣分子在兩面間呈雜亂無章的熱運(yùn)動狀態(tài)，故殘氣分子數(shù)目的多少是影響飛射方向和蒸發(fā)速度的主要因素。
       4、分子在冷凝面上冷凝：只要保證冷熱兩面間有足夠的溫度差（一般為70~100℃），冷凝表面的形式合理且光滑則認(rèn)為冷凝步驟可以在瞬間完成，所以選擇合理冷凝器的形式相當(dāng)重要。
       短程分子蒸餾器筒體的長徑比L/D通常應(yīng)該根據(jù)物料性質(zhì)與分離要求控制在3～6范圍內(nèi)，但是還要通過結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)予以調(diào)整，即通過加熱器與冷凝器的結(jié)構(gòu)尺寸來決定。筒體須控制圓度與表面粗糙度，以適應(yīng)刮板運(yùn)動和成膜的需要。夾套的長度與分段則根據(jù)提供能源的途徑、內(nèi)部冷凝器結(jié)構(gòu)以及刮板具體尺寸等參數(shù)來確定。當(dāng)能源為導(dǎo)熱油時(shí)，夾套內(nèi)部可以考慮設(shè)置導(dǎo)流板，以強(qiáng)化加熱器的蒸發(fā)傳熱過程。筒體與上下封頭組成密閉空腔。連接處須采用可靠的密封結(jié)構(gòu)，以滿足分子蒸餾過程要求的高真空度的嚴(yán)格要求。此外，還要根據(jù)短程分子蒸餾器結(jié)構(gòu)需要，在筒體上開設(shè)必要的工藝儀表接口、冷卻水進(jìn)出口和蒸出液、蒸余液出口管等。